剧情简介
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宋慈奏请圣上尸骨不能入殓下葬，济王如何致死，又怎么会埋在荒山野外，仍是未解之谜。宋皇告诉宋慈他已下旨为济王举行四十九天的皇家祭礼，他命宋慈在四十九天内查清济王死因，不然后果自负。
王儒璋来到提刑司责备宋慈在验尸报告上写得是悬息而亡，怎么又出来个右手持刀杀人之由，宋慈告王儒璋是下官善意的谎言，以免王大人步入歧途。因为谋杀李佑春的凶手与十年前谋杀史官的凶手是同出一人。
宋慈在伍府彻底揭开了伍德阴谋杀害史官裴世济，贪专银杀害李佑淳，用篡改的遗诏要挟圣上的罪恶，使伍德心惊魂破。姜儒成断气前告诉宋慈济王在天台山，于是，宋慈开始了天台山寻济王。
济王和阚必昌同时死在了客栈，必昌被杀坠落楼下，济王中毒死房内。客栈的“不速之客”们被宋慈封在了栈内，这其中也有双手沾满鲜血的妙姑也在其中，他在现场见到了前夫伍德。
断案现场妙姑惊呼：你们都是凶手。杜、吕两人是为济王要以大宋安稳为重，劝说济王不要争抢圣座。曹墨、邹少卿是来谋杀济王，可没能得手，济王先死于他们下手之前。何昚衣襟破损证据留在远离济王住房的柴屋内。伍德是在济王中毒后才冲进房中，凶手究竟是谁？这
宋慈接过酒杯一饮而尽，酒后善言训斥圣上不该阻止济王进宫，失去他们兄弟解难之机。言后御酒仍未毒性发作，这时宋慈才发现御酒是用可试毒的银杯所装，宋皇感慨地说：不想失去一位忠诚的提刑官。也就在同时，宋母因未见儿子宋慈，出宫急气而死。
深夜，宋皇闯入宋慈的院内大呼：“宋慈，快来救驾”，随之一支利箭射进宋皇胸内。一声惊叫，宋慈从梦中醒来。宋皇下旨召宋慈进京复职。在回京的路上，宋慈智破了一民间命案，而英姑也在破案中“从天而降”。宋慈刚刚到京，宫中内侍传旨召宋慈深夜进宫。
御史王儒璋私访湖州，发现护洪堤长期失修，汛期险情危危，他决定追查朝廷给湖州的五十万缗修堤资金，同时，新任湖州知府曹墨也开始追究五十万缗的下落。一场洪水冲淹了湖州，洪水中一具尸骨露天现世，知县姜汝成水举尸骨上留下的玉佩，狂呼：“难道老天真要亡
曹墨自担了五十缗失踪之责，被押解进狱，临行时，他将玉佩交给妻子玉娘，让她将其交给宋慈。玉娘夜闯提刑司，将玉佩交给宋慈。于是，一场追查“皇室谜案”开始了序幕。
户部尚书伍德告诉宋皇：不要因区区五十万缗鸿毛之案，乱了王朝安危的泰山之重。王儒璋深夜狱审曹墨，曹墨宁死不吐五十万缗真情，并要出狱三日，办完灾后之事，而后愿受朝廷罪惩。
一个皇室贵胄的遗体埋在荒山野外，在史册上应有记载，宋慈来到史馆查寻记载，让宋慈惊讶地是史册上的皇子皇孙生时卒年的史册却被人撤去了几页，还导致一位史官丧命。宋慈推断：这是一场蓄意谋杀。
宋皇决定让曹墨带罪去完成湖州灾后之事，曹墨皇街上跪谢圣恩。户部侍郎李佑淳告知伍德圣上放了曹墨，并不意味五十万缗专银案结案了。而是有着更大的案底会揭出。让伍德“小心”。
宋皇认出那块玉佩是当年太子随身之物，并告诉宋慈当年太子已死于一场火灾中，可这块玉佩又怎么出现在一个荒山野外的尸骨上呢？那现在皇陵中的太子又是何人呢？宋皇深夜私进提刑司辨认太子尸骨，为了证实哪具是当年的太子尸骨，宋慈跪求开皇陵验尸。
宋慈手捧尸骨告诉宋皇陵内不是济王尸骨而是一具怀胎十月的女尸，宋皇及众人惊呆了。宋家数口躲过了这场灭族之灾。皇陵验尸使太子谜案大白天下。史官裴时安告宋慈此案可以终结了，可宋慈却从丢失的史册上血手印发现了新的线索和疑点，他认为太子失踪与史料被窃
